São Luís de Montes Belos tem como marco inicial o ano de 1857, em que foi fundada uma fazenda da qual herdou o nome, a Fazenda São Luiz, localizada no município de Vila Boa (hoje Cidade de Goiás). O vizinho Firminópolis, com a possibilidade de criação de novos municípios após a queda do Estado Novo, pleiteou agregar a si o território da fazenda São Luiz. A tentativa foi rejeitada pelos fazendeiros da região que, em 1948, reuniram-se para articular a emancipação.

O nome foi escolhido em razão da Fazenda São Luiz, que, por sua vez, foi dado porque João Neto de Campos Carneiro e Vicente Ferreira Adorno, que construíam àquele tempo uma estrada ligando Goiás a Mato Grosso, aram pelo local no dia de São Luís Gonzaga (21 de junho), justificando o hábito deles de batizar os locais com nomes relacionados às datas pelas quais chegavam nele. Montes Belos veio unir-se ao nome por causa das serras com picos muito finos na entrada da cidade.

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Distrito criado com a denominação de São Luis de Montes Belos (ex-povoado) pela Lei Municipal n.º 19, de 04-10-1948, subordinado ao município de Goiás.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito permanece no município de Goiás.

Elevado à categoria de município com a denominação de São Luis de Montes Belos, pela Lei Estadual n.º 805, de 12-10-1953, desmembrado de Goiás. Sede no atual distrito de São Luis de Montes Belos. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954.

Pela Lei Municipal n.º 41, de 20-01-1958, é criado o distrito de Rosalândia e anexado ao município de São Luis de Montes Belos.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: São Luis de Montes Belos e Rosalândia.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.