A colonização iniciou-se por volta de 1721, quando as áreas delimitadas pelo rio Paranapanema e Serra de Botucatu foram divididas em sesmarias, sendo uma delas, a Fazenda Santo Inácio, concedida aos jesuítas. Estes religiosos, liderados pelo Padre Estanislau de Campos, iniciaram a agropecuária, mas as dificuldades inerentes da época, retardaram a efetiva ocupação da região, apesar do Governo Provincial tê-la incentivado, em 1776, concedendo terras aos povoadores.

A Fazenda Santo Inácio, confiscada pela Coroa quando os jesuítas foram expulsos dos domínios portugueses, em 1759, foi levada à hasta pública, com a denominação de Fazenda Boa Vista de Botucatu. Foi arrematada pelos sorocabanos Paulo Aires de Aguirre e pelo Sargento-Mor Manuel Joaquim da Silva Castro, que a subdividiu em várias pequenas propriedades agrícolas e de criação de gado. Data desta época, a construção da capela de Nossa Senhora das Dores da Serra de Botucatu e, em 1855, a vila, com prerrogativas de município.

A afluência de imigrantes atraídos pela expansão do café do tipo amarelo, no Oeste Paulista, transformou Botucatu num Centro Regional. Com a decadência da cafeicultura, por volta de 1930, houve ascensão da agropecuária, e, nos últimos anos, as atividades industriais.

O nome da cidade vem de Ibytu-katu, que em tupi significa "bons ares".

Formação istrativa 5x5b1n

Distrito criado com a denominação de Botucatu (ex-povoado Cima da Serra de Botucatu) pela Lei Provincial n.º 7, de 19-02-1846, com sede na povoação de Cima da Serra de Botucatu, subordinado ao município de Itapetininga.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Botucatu, pela Lei Provincial n.º 17, de 14-04-1855, desmembrado de Itapetininga. Sede na antiga povoação de Constituído do distrito sede. Instalado em 27-09-1858.

Pela Lei Provincial n.º 6, de 28-02-1866, é criado o distrito de Rio Bonito e anexado ao município de Botucatu.

Elevado à condição de cidade com a denominação de Botucatu, pela Lei Provincial n.º 18, de 16-03-1876.

Pela Lei Provincial n.º 75, de 21-04-1880, desmembra-se do município de Botucatu o distrito de Rio Bonito. Elevado à categoria de município.

Pelo Decreto n.º 160, de 24-04-1891, é criado o distrito de Espírito Santo do Rio Pardo e anexado ao município de Botucatu.

Pela Lei n.º 639, de 29-07-1899, é criado o distrito de Prata e anexado ao município de Botucatu.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 3 distritos: Botucatu, Espírito Santo do Rio Pardo e Prata.

Pela Lei n.º 2.302, de 05-12-1928, é criado o distrito de Vitória e anexado ao município de Botucatu.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 4 distritos: Botucatu, Espírito Santo do Rio Pardo, Prata e Vitória.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-12-1936 e 31-12-1937.