São Paulo das Missões foi fundado no ano de 1912, por um pequeno grupo de colonos, de origem alemã, vindos da Colônia Velha, ou seja, das proximidades de São Leopoldo e Novo Hamburgo.

A origem do nome São Paulo, contam os descendentes dos primeiros moradores, foi adotado porque a data em que aqui chegaram, foi em 25 de janeiro, dia de São Paulo, mais tarde foi acrescido das Missões, por situar-se na região das Missões.

Formação istrativa 5x5b1n

Distrito criado com a denominação de São Paulo das Missões, pela Lei Municipal n.º 141, de 12-11-1958, subordinado ao município de Cerro Largo.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de São Paulo das Missões, figura no município de Cerro Largo.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.

Elevado à categoria de município com a denominação de São Paulo das Missões, pela Lei Estadual n.º 5.205, de 30-12-1965, desmembrado do município de Cerro Largo. Sede no atual distrito de São Paulo das Missões (ex-povoado). Constituído de 2 distritos: Cerro Largo e Pinheiro Machado, ambos desmembrados do município de Cerro Largo. Instalado em 06-05-1966.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: São Paulo das Missões e Pinheiro Machado.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.