A referência mais remota sobre o território do município de Três Rios data do início do século XIX, quando Antônio Barroso Pereira obteve, por requerimento de 16 de setembro de 1817, "terras de sesmaria no sertão entre os rios Paraíba e Paraibuna". É no teor da concessão da referida sesmaria, exarada pela coroa portuguesa, que se identifica a origem da primeira toponímia do município Entre-Rios.

Dentro do seu patrimônio territorial, Antônio Barroso Pereira fundou cinco fazendas: a fazenda Cantagalo, a mais importante, e as fazendas Piracema, Rua-Direita, Boa União e Cachoeira, todas dependentes da primeira.

A 23 de junho de 1861 foi inaugurada a rodovia União-Indústria (que ligava Petrópolis a Juiz de Fora) e que ava pelas terras da fazenda Cantagalo. Essa rodovia contou com grande colaboração do fazendeiro Antônio Barroso Pereira e, por esse motivo, o imperador Pedro II agraciou-lhe, em 1852, com o título honorífico Barão de Entre-Rios. Ainda em sua homenagem à estação rodoviária local, foi dado o nome de Estação de Entre-Rios. Com o batismo da estação não tardou que o pequeno povoado, formado às margens da rodovia, asse a ser conhecido como Entre-Rios.

Em 1867, os trilhos da Estrada de Ferro D. Pedro II chegaram à região e, tal a rodovia, essa ferrovia recebeu o importante apoio do Barão que, falecido em 1862, transmitiu a fazenda Cantagalo para sua filha Mariana Claudina Pereira de Carvalho, feita Condessa do Rio Novo em 1880.

Viúva e sem filhos, a Condessa, falecida a 05 de junho de 1882, em Londres, onde se encontrava em tratamento de saúde, deixou a fazenda Cantagalo para a obra assistencial que planejara em Paraíba do Sul, a Casa de Caridade, com a recomendação de que "as terras próximas à Estação de Entre-Rios", poderiam ser aforadas para os que ali quisessem residir. Tratava com essa recomendação de garantir recursos perpétuos àquela futura casa de assistência social.

Somada à movimentação que já se fazia sentir pela rodovia e pela ferrovia, a oportunidade do aforamento de terras veio, sobremaneira, efetivar um relativo progresso para o local, já reconhecido como importante entroncamento rodoferroviário. A 13 de agosto de 1890, o povoado de Entre-Rios foi elevado a segundo distrito de Paraíba do Sul.

Confirmava-se o acelerado progresso local, apresentado por uma superioridade frente ao distrito sede: maior população, maior contingente eleitoral, maior arrecadação de impostos - variados componentes que fizeram com que o povo entrerriense reivindicasse sua emancipação de Paraíba do Sul, já no início da década de 20.

A 14 de dezembro de 1938, o distrito de Entre-Rios conseguiu a sua emancipação político-istrativa e o novo município foi instalado a 1º de janeiro de 1939. Todavia, o município, nascido com a toponímia de Entre-Rios, viu-se, no início dos anos 40, obrigado por órgãos federais a mudar a sua denominação pela triplicidade do nome existente em outros municípios brasileiros. A partir de 31 de dezembro de 1943, o município de Entre-Rios ou a se chamar Três Rios, numa clara conotação aos três mais importantes rios que cortavam o seu território: rios Paraíba do Sul, Piabanha e Paraibuna.

Formação istrativa 5x5b1n

Freguesia criada com a denominação de Entre Rios pelo Decreto Estadual n.º 114, de 13-08-1890, pela Deliberação Estadual de 21-08-1891 e pelos Decretos Estaduais n.º 1, de 08-05-1892, e n.º 1-A, de 03-06-1892, no município de Paraíba do Sul.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911 o distrito de Entre Rios figura no município de Paraíba do Sul. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Elevado à categoria de município com a denominação de Entre Rios pelo Decreto Estadual n.º 634, de 14-12-1938, sendo desmembrado de Paraíba do Sul. Sede no antigo distrito de Entre Rios. Constituído de 4 distritos: Entre Rios, Areal, Bemposta e Monte Serrat. Todos desmembrados do município de Paraíba do Sul. Instalado em 01-05-1939.

Pelo Decreto-lei n.º 1.056, de 31-12-1938, o município de Entre Rios ou a denominar-se Três Rios. Sob o mesmo Decreto, o município de Três Rios adquiriu do município de Paraíba do Sul e o distrito de Afonso Arinos. Ainda por esse Decreto o distrito de Monte Serrá foi extinto, sendo seu território anexado ao distrito de Afonso Arinos.

Em divisão territorial datada de I-VII-1950 o município é constituído de 4 distritos: Três Rios, Afonso Arinos, Areal e Bemposta.

Pela Lei n.º 2.382, de 18-01-1955, é criado o distrito de Serraria e anexado ao município de Três Rios.

Em divisão territorial datada de I-VII-1955 o município é constituído de 5 distritos: Três Rios, Afonso Arinos, Areal, Bemposta e Serraria. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-Vll-1960.

Pelo Decreto Estadual n.º 99, de 30-01-1963, o distrito de Serraria ou a denominar-se Comendador Levy Gasparian.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968 o município é constituído de 5 distritos: Três Rios, Afonso Arinos, Areal, Bemposta e Comendador Levy Gasparian.

A Lei Estadual n.º 1.923, de 23-12-1991, desmembra do município de Três Rios os distritos de Comendador Levy Gasparian e Afonso Arinos, para formarem o novo município de Comendador Levy Gasparian.

A Lei Estadual n.º 1.986, de 10 de abril de 1992, desmembra de Três Rios o distrito de Areal, elevado à categoria de município.

Em Síntese de 31-XII-1994 o município é constituído de 2 distritos: Três Rios e Bemposta. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.