A região compreendida pelo município de Bom Jesus do Norte, até a data de sua emancipação, em 1903, pertencia ao município de São José do Calçado.

Em meados do século XIX, os colonizadores Coronel José Dutra Nicácio, José Francisco de Melo, José Lima da Silveira, Marciano Lúcio e Caboclo Valério, em busca de terras adptáveis aos tratos agrícolas, chegaram às margens do rio Itabapoana e, ali, fundaram uma pequena povoação que, mais tarde, viria constituir a atual sede municipal.

Formação istrativa 5x5b1n

Distrito criado com a denominação de Jardim, pela Lei Municipal de 05-04-1895, subordinado ao município de São José do Calçado.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Jardim figura no município de São José do Calçado.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1933, o distrito permanece no município de São José do Calçado.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto lei Estadual n.º 9.941, de 11-11-1938, o distrito de Jardim ou a denominar-se Bom Jesus do Norte.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948. O distrito de Bom Jesus do Norte permanece no município de São José do Calçado.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de Bom Jesus do Norte permanece no município de São José do Calçado.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 14-VII-1960.

Elevado à categoria de município com a denominação de Bom Jesus do Norte, pela Lei Estadual n.º 1.911, de 13-12-1963, desmembrado de São José do Calçado. Sede no antigo distrito de Bom Jesus do Norte. Constituído do distrito sede. Instalado em 09-04-1964.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.