O rei de Portugal, D. José I, assessorado pelo Marquês de Pombal, em 26 de janeiro de 1765, ordenou ao Capitão-General da Capitania de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão, que fundasse povoados em pontos mais convenientes do Brasil.

Então, por Portaria de 5 de dezembro de 1765, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão, houve por bem incumbir a seu irmão, Afonso Botelho de Sam Payo e Souza, Tenete-Coronel das Tropas Auxiliares e figura de relêvo no governo da Capitania de Paranaguá, de formar uma povoação na enseada de Guaratuba. Como faltasse elemento humano para um povoamento rápido, Afonso Botelho apelou para o Capitão-General da Capitania de São Paulo, no sentido de que enviasse colonizadores. Com a chegada desses colonizadores, o povoado desenvolveu-se rapidamente.

Todavia, necessidade de ordem militar, principalmente, face à tentativa de ocupação da ilha de Santa Catarina, em 1768, por forças espanholas, impeliram o governo da Capitania, a elevar a povoação de Guaratuba à categoria de Vila.

Assim, em 27 de abril de 1771, a povoação de Guaratuba foi elevada à categoria de vila com o nome de São Luiz de Guaratuba da Marinha.

Em 1938, foi extinto o município, ando a constituir um distrito do município de Paranaguá.

Em 1947, foi restaurado o Município de Guaratuba, desmembrado do Município de Paranaguá.

O topônimo, de origem indígena, significa:
GUIRA = a ave, a garça e TUBA = muito. Evidente alusão a enorme quantidade de pássaro encontrados naquela baia.

Formação istrativa 5x5b1n

Freguesia criada com a denominação de Guaratuba, em 1656, no município de Paranaguá.

Elevado à categoria de vila com a denominação de São Luiz de Guaratuba da Marinha, em 27-04-1771, desmembrado de São Luiz de Guaratuba da Marinha. Sede na povoação de Guaratuba atual São Luiz de Guaratuba da Marinha. Constituído do distrito sede.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.

Pela Lei n.º 193, de 14-10-1937, o município de Matinhos é extinto, sendo seu território anexado ao município de São Luiz de Guaratuba da Marinha.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1937, o município é constituído de 2 distritos: São Luiz de Guaratuba da Marinha e Matinhos.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 7.573, de 20-10-1938, o município de São Luiz de Guaratuba da Marinha foi extinto, sendo seu território anexado ao município de Paranaguá.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de São Luiz de Guaratuba da Marinha, figura no município de Paranaguá.

Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Guaratuba, pela Lei Estadual n.º 790, de 14-11-1951, desmembrado de Paranaguá. Sede no antigo distrito de Guaratuba. Constituído de 2 distritos: Guaratuba e Garuva. Instalado em 25-10-1947.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Guaratuba e Garuva.

Pela Lei Estadual n.º 7.135, de 04-05-1979, o distrito de Garuva ou a denominar-se Pedra Branca do Araraquara.

Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: Guaratuba e Pedra Branca do Araraquara (ex-Garuva).

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.