O município teve origem no primitivo povoado fundado por sertanistas que, por volta de 1830, chegaram a região atraídos pela qualidade das pastagens, adequadas a criação de gado. Em terras doadas pelas irmãs Bárbara e Esídia Rodrigues foi erguida a primeira capela, consagrada à Nossa Senhora da Abadia.


Em torno da capela que cresceu o povoado batizado de Buritis, mais tarde denominado Dourados. Em 1938, o povoado é elevado a distrito e, em 1943, a a se chamar Pirajuba, integrado então ao município de Conceição das Alagoas. A emancipação data de 1953.


Como atrações turísticas, Pirajuba oferece o horto do Douradinho, área arborizada aàs margens do rio Dourados, apropriada para camping, pescaria e natação, e as festas de Nossa Senhora da Abadia, em dezembro, e do Peão Boiadeiro, durante quatro dias do mês de junho.