São João da Paraúna começou em 1946, quando Antônio Ferreira Gomes construiu uma igreja em um ponto alto da região, em louvor de São João Batista. A primeira missa foi realizada em 23 de junho de 1947 e o povoado, que estava sendo formado, ficou conhecido como São João.

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Distrito criado com a denominação de São João, pela Lei Municipal n.º 59, de 10-11-1962, subordinado ao município de Paraúna.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o distrito de São João, figura no município de Paraúna.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.

Elevado à categoria de município com a denominação de São João da Paraúna, pela Lei Estadual n.º 10.433, de 09-01-1988, desmembrado de Paraúna. Sede no atual distrito de São João da Paraúna (ex-São João). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.

Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.