No século XIX já existia no local a Fazenda Cachoeirinha às margens do rio deste nome. Formando-se aí o povoado, com a denominação de Cachoeirinha pela Resolução Municipal de 1889.

Àquela época já havia chegado ao local o alemão Franz Wagner, que deu-se à tarefa de orientar os moradores nos trabalhos agrícolas, tornando-se grande benfeitor da região e merecedor da homenagem que lhe prestou a Resolução Municipal de 1891, mudando a denominação do povoado para Wagner.

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Pelo Decreto n.º 7.479, de 08-07-1931, Lençóes adquiriu o território do extinto município de Wagner, como simples distrito.

Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece grafado Lençóis.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto Estadual 12.978, de 01-06-1944, o distrito de Wagner tomou a denominação de Itacira.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Itacira, figura no município de Lençóis.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.

Elevado à categoria de município com a denominação de Wagner, pela Lei Estadual n.º 1.739, de 20-07-1962, desmembrado do município de Lençóis. Sede no atual distrito de Wagner (ex-Itacira). Constituído do distrito sede. Instalado em 07-04-1963.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.