No final do Século XIX, a seca que assolou o sertão baiano provocou o êxodo de muitas famílias do município de Macaúbas. Um grupo de flagelados se estabeleceu onde hoje se situa a cidade, fundando o povoado Cana Brava.

O arraial desenvolveu-se em função da agricultura.

Em 1958, criou-se o distrito de Cana Brava, integrante do município de Central.

Em 1962, alterou-se o topônimo para Presidente Dutra, em homenagem ao Marechal Eurico Gaspar Dutra, ex-Presidente da República.

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Distrito criado com a denominação de Lagoa da Canabrava, pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, subordinado ao município de Xique-Xique.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de Lagoa da Canabrava figura no município de Xique-Xique.

Pela Lei Estadual n.º 1.017, de 18-08-1958, o distrito de Lagoa da Canabrava foi transferido do município de Xique-Xique, para constituir o novo município de Central.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Lagoa da Canabrava figura no município de Central.

Elevado à categoria de município com a denominação de Presidente Dutra, pela Lei Estadual n.º 1.669, de 12-04-1962, desmembrado de Central. Sede no atual distrito de Presidente Dutra (ex-Lagoa da Canabrava). Constituído de 2 distritos: Presidente Dutra e Campo Formoso, criado pela Lei Estadual acima citada. Instalado em 07-04-1963.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Presidente Dutra e Campo Formoso.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.