O município de Eunápolis (BA) foi criado pela Lei Estadual 4770/1988, após a realização de dois plebiscitos que determinaram a aprovação de um Projeto de Lei pela Assembléia Legislativa da Bahia, propondo a criação do novo município.

Antes de sua emancipação, Eunápolis, distante 671 quilômetros da capital baiana (Salvador), era um povoado promissor, pertencente aos municípios de Porto Seguro (20%) e de Santa Cruz Cabrália (80%). O início da povoação se deu nos anos da década de 1950, por ocasião da chegada dos primeiros trabalhadores que chegaram à região para a construção de estradas.

O nome do município, situado na confluências das BRs 101 e 367, na região Extremo Sul do estado, é uma homenagem ao engenheiro Eunápio Peltier de Queiróz, responsável pela desapropriação de terras ao redor do núcleo de residências que se formava durante a abertura de estradas e que hoje formam parte do centro urbano do município. Antes da nominação atual o lugar já foi conhecido como Quilômetro 64, Ibiapina e Nova Floresta.

Pela sua pujança econômica e conforme pesquisa do jornalista Lourival Jacome, com forte base no processo madeireiro extrativista, o povoado prosperou mais que os municípios a que pertencia, a ponto de sediar a istração de ambas as cidades. Suas potencialidades fizeram surgir o rótulo de maior povoado do mundo, em alusão ao crescimento de setores como o comércio, serviços, indústria madeireira e outros, o que provocou um rápido crescimento da população.

Foram destaques no processo histórico desencadeado pelos que lutavam pela emancipação centenas de pioneiros oriundos de cidades do Espírito Santo, norte de Minas Gerais, do Sertão da Bahia e de outras regiões do país.

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Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Eunápolis, pela Lei Estadual n.º 4.770, de 12-05-1988, desmembrado de Porto Seguro e Santa Cruz Cabrália. Criado com área do extinto distrito Gabiarra do município de Santa Cruz Cabrália. Sede no atual distrito de Eunápolis (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.