Região primeiramente habitada pelos índios tuxás, Botuporã foi colonizada na metade do século XVIII pelos portugueses. O município nasceu com o primeiro nome de Fazenda Caititu, fundado pelos colonizadores portugueses Marques e Castros. Com o tempo, o lugar foi prosperando e outras propriedades surgiram ao seu redor, formando um pequeno núcleo urbano.

Em 1926, missionários mandaram abrir uma estrada até um monte existente no povoado, onde edificaram um cruzeiro que foi nomeado como Monte Belo. O arraial desenvolveu-se em função da agropecuária, tornando-se distrito. Em 1934, o nome foi mudado para Botuporã, que na língua tupi-guarani tem o significado de Monte Belo, denominação que permanece até hoje. Foi elevado à categoria de município em 1962 e instalado em 1963.

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Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, figura no município de Macaúbas o distrito de Monte Belo.

Assim permanecendo no quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, o distrito de Monte Belo ou a denominar-se Botuporã.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Botuporã (ex-Monte Belo), figura no município de Macaúbas.

Assim permanecendo em divisão territorial de datada de 1-VII-1960.

Elevado à categoria de município com a denominação de Botuporã, pela Lei Estadual n.º 1647, de 22-03-1962, desmembrado de Macaúbas. Sede no antigo distrito de Botuporã. Constituído de 3 distritos: Botuporã, Caturama e Tanque Novo, todos desmembrados de Macaúbas. Instalado em 07-04-1963.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Botuporã, Caturama e Tanque Novo.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.

Pela Lei Estadual n.º 4400, de 25-02-1985, desmembra do município de Botuporã o distrito de Tanque Novo. Elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: Botuporã e Caturama.

Pela Lei Estadual n.º 5012, de 13-06-1989, desmembra do município de Botuporã o distrito de Caturama. Elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.