Construída em plena floresta amazônica, entre o final da década de 1950 e o início dos anos 1960, Serra do Navio foi planejada para abrigar o contingente de moradores da periferia da Vila Operária da Icomi. Com a desativação da mineradora, o local ou por profundas transformações. Ainda abriga empresas mineradoras, mas de menores proporções.

Desmembrado do município de Macapá em 1992, Serra do Navio foi chamado inicialmente de Água Branca do Amapari, retornando ao nome original no ano seguinte.

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Elevado à categoria de município com a denominação de Água Branca do Amapari, obedecendo o artigo 3º, da Lei Complementar n.º 01, de 17-03-1992, desmembrado do município de Macapá. Sede no atual distrito de Água Branca do Amapari. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.

Pela Lei Estadual nº 76, de 22-06-1993, o nome do município foi alterado para Serra do Navio.

Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 2 distritos: Serra do Navio e Cachaço.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.