O município está localizado às margens direita do Rio do Sono na confluência com o Tocantins.

Suas terras são compostas de campo, cerrado e matas produtivas.

É assim chamado em homenagem a seu Padroeiro Bom Jesus dos os.

Formação istrativa 5x5b1n

Distrito criado com a denominação de Bom Jesus do Norte, pela Lei Municipal n.º 4, de 28-05-1963, subordinado ao município de Pedro Afonso.

Em divisão territorial datada de 1-XII-1963, o distrito de Bom Jesus do Norte figura no município de Pedro Afonso.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

Elevado à categoria de município com a denominação de Bom Jesus do Tocantins, pela Lei Estadual n.º 251, de 20-02-1991, alterada pela Lei Estadual n.º 498, de 21-12-1992, desmembrado de Pedro Afonso. Sede no antigo distrito de Bom Jesus do Tocantins (ex-Bom Jesus do Norte). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.

Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial de 2015.