A História oficial da cidade tem início com os frades beneditinos radicados no Brasil, que fundaram a Fazenda de São Caetano, nas terras de Tijucuçu.

A partir de 1631 duas figuras participaram da formação patrimonial de São Caetano: O capitão Duarte Machado e esposa, que doaram à Ordem de São Bento, em São Paulo, as terras de Tijucuçu, e o bandeirante Fernão Dias Paes Leme, que, em 1671, doou 500 braças de terra aos beneditinos, enriquecendo o referido patrimônio. Forma-se, assim, a Fazenda São Caetano, cuja denominação é uma homenagem ao Santo da Divina Providência, muito cultuado pela Ordem.

Até 1764, os frades istraram a fazenda, na qual construíram o marco da futura cidade e erigiram uma pequena capela.

Mais tarde, com a chegada dos imigrantes italianos, em 1877, a capela veio dar origem à paróquia São Caetano.

A partir daí, porém, Portugal ficou sob o jugo do Marquês de Pombal e as atividades dos beneditinos foram proibidas. Desse modo, as terras abandonadas aos poucos.

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Distrito criado com a denominação de São Caetano, pela Lei Estadual n.º 1.512, de 04-12-1916, subordinado ao município de São Bernardo.

Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o distrito de São Caetano figura no município de São Bernardo.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1926 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, é extinto o distrito de São Caetano, sendo seu território anexado ao novo município de Santo André.

Elevado à categoria de município e distrito com denominação de São Caetano do Sul, pela Lei Estadual n.º 233, de 24-11-1948, desmembrado do município de Santo André. Sede no atual distrito de São Caetano do Sul. Constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município permanece constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.