Quando do descobrimento do Brasil pelos portugueses em 1500, já existia na região a Aldeia dos Índios Peroibe. No sistema de capitanias hereditárias implantado pela coroa portuguesa em 1534, para a colonização do Brasil, o território onde hoje localiza-se Peruíbe pertencia à Capitania de São Vicente, cujo donatário era Martim Afonso de Sousa.

Mas a história de Peruíbe está intimamente ligada ao estabelecimento dos padres jesuítas pelo litoral do estado de São Paulo. Em 1549, chegou o padre Leonardo Nunes para fazer a catequese dos índios, no local onde já havia sido construída a Igreja de São João Batista. Os indígenas o apelidaram de abarebebê (padre voador), pois parecia estar em vários locais ao mesmo tempo. Restos desta igreja são conhecidos hoje como ruínas do Abarebebê. Em 1554, foi a vez de o padre José de Anchieta chegar ao aldeamento. Em 1640, ou a ser conhecida como Aldeia de São João Batista e, em 1789, os padres jesuítas foram expulsos do Brasil. A aldeia, abandonada, entrou em declínio, tornando-se uma pacata vila de pescadores, sempre submetida ao município de Itanhaém.

Em 1914, a construção da Estrada de Ferro Santos-Juquiá trouxe novos habitantes. A bananicultura se espalhou pela região. Nos anos 1950, com a construção de rodovias para o litoral sul, a atividade comercial, especialmente a imobiliária, começa a crescer, sendo realizado um plebiscito para definir a emancipação política de Peruíbe, em 24 de dezembro de 1958, proposto pelo então vereador de Itanhaém, Geraldo Russomano.

Em 18 de fevereiro de 1959, o distrito ou a ser um município desmembrado do território de Itanhaém.

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Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Peruíbe pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, sendo desmembrado do município de Itanhaém. Sede no atual distrito de Peruíbe. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1960.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.