Por volta de 1921, a Companhia Telefônica Bragantina necessitando de postes para ampliação de sua rede, adquiriu as matas da região. Para fazer o escoamento desta madeira, conseguiu que a Estrada de Ferro Noroeste do Brasil fizesse desvio de seus trilhos e instalasse um posto para embarque da madeira. Esse posto foi denominado Guarantã.

Altino Cardoso iniciou em torno dessa parada a fundação do patrimônio, tendo levantado um cruzeiro onde foi celebrada a primeira missa. Em 1925 iniciou a construção da Igreja dedicada à padroeira Santa Terezinha do Menino Jesus, época em que já estavam estabelecidos muitos moradores, entre eles os comerciantes José Assunção Méier, Antônio Guzela e José Bértoli.

Em pouco tempo formaram-se extensas fazendas dedicadas à cafeicultura iniciada por Francisco Martins, José Siqueira, Morotomi Maquizo, Batista Zacarin, Guerino Picheli e Ricieri Ricci, considerados também fundadores da cidade.

As altas produções de cafeicultura e o fácil aceso pela ferrovia atraíram outros moradores, aumentando o núcleo urbano.

O topônimo, corruptela indígena de iara-tã que significa madeira dura, refere-se às árvores da família das rutáceas, que formam as matas locais.

Formação istrativa 5x5b1n

Distrito criado com a denominação de Guarantã, pela Lei Estadual n.º 2.025, de 27-12-1924, subordinado ao município de Pirajuí.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Guarantã figura no município de Pirajuí.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Elevado à categoria de município com a denominação de Guarantã, pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, desmembrado dos municípios de Pirajuí e Garça. Sede no antigo distrito de Guarantã. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1945.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.