A historia de Jaboticaba pode ser dividida em 4 períodos. O primeiro período é o Indígena, comprovado através de flechas e outros artefatos encontrados em áreas cultiváveis próximas as margens do rio Jaboticaba. Provavelmente os indígenas que viviam ou avam por esta região hoje se concentram na reserva de Rodeio Bonito, pois a bem pouco tempo atrás era figura constante no município o Cacique Joaquim Canheró (Kenharó) desta reserva.

O segundo período é o Caboclo quando estes am a ocupar terras próximas onde hoje temos Linha Santa Lúcia, áreas próximas ao rio Jaboticaba, Linha Varejão, Linha São Luis e Linha Shimith. Segundo Sebastião Flores da Silva, eram terras pertencentes a Ernesto Miranda um dos primeiros ervateiros da região. Nesta área também habitaram Inácio Candido da Silva (±1862), Bernardino Perônio da Silva (±1783), Estácio Prestes e Aníbal Alves da Silva (Anibão). As terra a direita de quem dirige-se de Jaboticaba a Boa Vista das Missões (RS323) pertenciam ao Coronel José Pedro Rodrigues, mais conhecido como Coronel Juca Lau. Também neste período vamos encontrar onde hoje chamamos de Jaboticaba Velha em direção ao Alto Xaxim a figura de Pedro Quindaço, Hipólito Soares, Brasilide Borba, José Olimpio Rodrigues, Manoel e Marcolina Correia de Souza (pais de Dona Vidalvina).

Neste período é que Jaboticaba começa a se estruturar e aparecem os primeiros comerciantes o Sr. Sisnande de Almeida Guedes (Nande Cadena) o Sr. Odilon Gonçalves e o Sr. Dorvalino do Amaral e Silva.

O terceiro período é o Italiano. Inicia-se com a chegada de Luiz e Cândida Locatelli em torno do ano de 1910, estabelecendo-se nas margens do Lajeado do Braga. Mais tarde por volta de 1939 chegaram: Cisisnando Quedi, Valentim e Joana Stefanello, Carlos e Olinto Bortoluzzi, João Casarim, Hugo Piovesam, Bortolo Schiavinatto, Atílio Zanon, além de outras famílias vindas de Nova Palma, Faxinal de Soturno e de Júlio de Castilhos como: Scolari, Descovi, Moro, Trentim, Dal Bianco, Manfio, Bisognin etc...

O quarto período e o Atual é o dos anos pré e pós-emancipação.

O primeiro nome da região onde hoje se encontra o município foi Campina, e só após a vinda dos italianos é que se ou chamar Jaboticaba, isto devido a grande quantidade de árvores desta fruta existente na região.

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Distrito criado com a denominação de Jaboticaba (ex-povoado), pela Lei Municipal n.º 346, de 28-11-1956, desmembrado do distrito de Rodeio Bonito, subordinado ao município de Palmeira das Missões.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito Jaboticaba figura no município de Palmeira das Missões.

Elevado à categoria de município com a denominação de Jaboticaba, pela Lei Estadual n.º 8.426, de 30-11-1987, alterada em seus limites pela Lei Estadual n.º 9.006, de 11-01-1990, desmembrado de Palmeira das Missões. Sede no antigo distrito de Jaboticaba. Constituído de 2 distritos: Jaboticaba e Trentin, ambos desmembrado do município de Palmeiras das Missões. Instalado em 01-01-1989.

Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 2 distritos: Jaboticaba e Trentin.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.