O povoado onde hoje se localiza o Município de Altônia, teve seu início em 1953 por iniciativa da Companhia Byington de Colonização Ltda., responsável pelo grande desenvolvimento da região.

O povo mineiro e nordestino foram os primeiros a chegar ao povoado comandado por Alberto Byington Júnior, sócio da empresa colonizadora. A determinação dos pioneiros e qualidade do solo foi fator preponderante para o sucesso da empreitada, que previa a venda de lotes rurais de até 10 alqueires de terras a cada família.

O nome de Altônia surgiu em homenagem a Alberto Byington Junior, um dos sócios diretores da Companhia Colonizadora, e que deriva do seu endereço telegráfico, que era formado com a primeira sílaba "AL" de Alberto e a última "TON" de Byington. Daí, Altônia.

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Distrito criado com a denominação de Altônia, pela Lei Estadual n.º 4.925, de 10-09-1964, subordinado ao município de Xambrê.

Elevado à categoria de município com a denominação de Altônia, pela Lei Estadual n.º 5.394, de 14-09-1966, desmembrado de Xambrê. Sede no atual distrito de Altônia. Constituído do distrito sede. Instalado em 10-12-1968.

Pela Lei Estadual n.º 6.964, de 20-12-1977, foram criados os distritos de Jardim Paredão, São João e São Jorge.

Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 4 distritos: Altônia, Jardim Paredão, São João e São Jorge.

Pela Lei Estadual n.º 7.474, de 22-06-1981, desmembra do município de Altônia o distrito de São Jorge. Elevado à categoria de município com a denominação de São Jorge do Patrocínio.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído de 3 distritos: Altônia, Jardim Paredão e São João.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.