As terras ocupadas pelo município de Inocência foram inicialmente povoadas por criadores de gado, que aí aportaram em busca de melhores pastagens para seus rebanhos. Com seus estabelecimentos já alicerçados, começaram a sentir as dificuldades de comunicação e comercialização, pois se encontravam distantes dos núcleos urbanos. Assim, tomaram a iniciativa de fundar um povoado e, com essa finalidade, em 1947, reuniram-se Juventino Campos, João Barbosa Ferreira, Symphrônio Júnior, José Maria Albino, Francisco Albino, Antônio Ferreira Leal, Lauriston, Amâncio Nepomuceno, Franklin Gomes da Silva, Pedro Paulo de Queiróz, Alexandre Batista Garcia, Júlio José dos Santos, Aurélio Valadão e outros, estabelecendo as bases do empreendimento. Em nome de Alexandre Batista Garcia, Pedro Vilela Valadão e Raul Rached foram adquiridas, da Fazenda Bocaina, quatro alqueires goianos de terras, localizadas entre os córregos Sanfona e Viola.

As terras foram loteadas e, iniciadas as vendas, foram aparecendo as primeiras construções. Surgia então um novo povoado que tomou a denominação de Bocaina.

Em 1951, em imóvel cedido por Alexandre Batista Garcia, foi instalada a primeira escola. Nesse mesmo ano, por iniciativa e colaboração de seus habitantes, erigiu-se a Igreja Católica.

O povoado teve posteriormente sua denominação alterada para Inocência.

O topônimo do município foi adotado numa homenagem ao romance Inocência, de Alfredo de Escragnolle Taunay, Visconde de Taunay, cujo enredo retrata fatos e costumes da região.

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Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 figura no município de Santana do Paranaíba o distrito de São Pedro.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 208, de 26-10-1938, o município de Santana do Paranaíba ou a denominar-se Paranaíba.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o distrito de São Pedro figura no município Paranaíba.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 545, de 31-12-1943, o distrito de São Pedro ou a denominar-se Inocência.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o distrito de Inocência figura no município de Paranaíba. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.

O distrito é elevado à categoria de município em 1958, com a denominação de Inocência, pela Lei Estadual n.º 1.129, de 17-11-1958, sendo desmembrado do município de Paranaíba. Sede no distrito de Inocência, antes denominado Bocaina. Constituído de 2 distritos: Inocência e São Pedro, este último antes denominado Inocência. Instalado em 01-04-1959.

Em divisão territorial datada de I-VII-1960, município é constituído de 2 distritos: Inocência e São Pedro.

Pela Lei Estadual n.º 2.070, de 14-12-1963, é criado o distrito de São José do Sucuriú e anexado ao município de Inocência.

Pela Lei Estadual n.º 2.074, de 14-12-1963, é criado o distrito de Morangas e anexado ao município de Inocência.

Em divisão territorial datada de I-I-1979, o município é constituído de 4 distritos: Inocência, Morangas, São José do Sucuriú e São Pedro. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.